深圳市老龄事业发展基金会的组织结构由理事会和秘书处两个部分组成。

       理事会承担决策职能，通过由理事长召集并主持的定期理事会会议，对基金会战略规划、年度计划、预算等重大事项进行审议和审批。理事会下设项目评审委员会，项目审核委员会由基金会秘书处及常务理事组成，对理事会汇报，负责基金会项目的审批和质量监控。

       秘书处为基金会的执行机构，负责人为秘书长，由理事会从理事中选举产生，负责秘书处日常工作。秘书处下设行政、项目、财务部门。基金会现有工作人员4名全职员工。