北京联慈健康扶贫基金会是致力于健康扶贫事业，以促进与改善弱势人群健康状况为宗旨的公益慈善组织。基金会的前身是“中国健康扶贫工程组委会”。
早在2002年，在中共中央统战部、卫生部、文化部、农工民主党中央等六部委的大力支持下，中国初级卫生保健基金会联合中国红十字基金会，共同推出了为期十年的大型公益活动——“中国健康扶贫工程”。该“工程”运行十年公益项目覆盖29省，100余地市，800余县市区，惠泽人口1亿人，实现公益规模30多亿元，受到了卫生部、民政部、全国妇联、农工民主党中央的嘉奖和表彰，所设计的公益项目及团队成员分别获得民政部最具公益性项目（2007年）、中华慈善奖（2009年、2012年）。
为延续“中国健康扶贫工程”这一公益品牌，更好地弘扬“健康扶贫”的精神和理念，经民政部门批准，正式注册成立为独立法人机构——北京联慈健康扶贫基金会。该机构除承袭与中国初级卫生保健基金会原有合作项目之外，又创新设计了一系列健康发展与健康扶贫的项目。